第三，天地会在太平天国兴起时恰遇到诸多麻烦，又对太平天国始终存在一些“美好的误会”。
金田起义时，广西虽然号称“糜烂”，但主要的“匪患”并非一开始仍罩着合法面纱的上帝会，而是早就被清廷打入另册的天地会。等到了后期，太平军固然势弱，天地会的日子也同样不好受，两家继续“抱团取暖”直至双双转回昔日的秘密社团状态，就更顺理成章了。
不过上帝会和天地会终究是“两码事”，在洪秀全心目中，“黄旗”(上帝会众)和“花旗”还是内外有别的，“黄旗”是“自己人”，“花旗”则只是盟友，是“游兵”，可以任用、笼络，但不能完全信任。事实上，“花旗”本身，也是要分作三六九等的。
1855-1856年间在湖南、江西等地成建制投入太平军(包括此后类似情况下投入)的天地会众，他们是真正的“花旗”，被授予和太平军其他部队完全不同的花色旗号，是一望而知的“非嫡系”，从俘虏供词看，直到1860、1861年还经常因为那面花旗而遭“黄旗”排挤，等天京陷落、“黄旗”灰头土脸，实力相对完整、又有传统的秘密社会归宿可去的花旗则扬眉吐气，趁机报复。
在“花旗”成建制加入前，也有许多天地会人马归附太平天国，这些人并没有被单独编为“花旗”，而是和普通太平军一样被列为“黄旗”，本人官爵、所部编制，都和正规太平军如出一辙。
但这些天地会系统的“黄旗”，在太平天国上层眼里，其实是“亦黄亦花”的另类。
但倘是和“真黄旗”相争，就是另一回事了。罗大纲在太平天国起兵之初，可谓主力中的主力，但官爵始终比嫡系差了一大截。另一位著名天地会头目刘官芳，在天京事变前也一样混得灰头土脸，直到顶头上司、“真黄旗”韦俊叛降清方，他才总算熬出生天，继承了韦俊留下的右军主将封号。
当然，“假黄旗”也并非只吃亏、不占便宜。多部时人记载表示，罗大纲等部在军纪上享受“虽不法亦不问”的特权，以至于同样是广东人、其中许多人也是秘密天地会众的清方辅助武装“潮勇”，在湖北半壁山被打败后，都甘愿投入纪律松弛的罗大纲部。不过这一“特权”同样表明，“天地会黄旗”在“真黄旗”心中，始终不是纯粹的“自家人”。
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