新政的主题恰如其年号“建文”一样，与前代的“洪武”相对，施行重文臣，兴儒学的“仁政”。
即位第一个月即下令全国复查“冤桉”，对洪武时代的几次大桉重新核查，力求“从宽”，赦免无辜者数万人。许多被朱元章流放边关的文臣也得以提拔，甚至入主中央。
进而修订《大明律》，删掉其中诸多苛刻刑法，中央到地方的各级官署更进行“机构精简”，户部和刑部下属的各类司级机关从12个缩减到4个，但有些部门则进行“机构扩充”，如翰林院和国子监。
官职级别也发生变化，六部尚书的品级从二品提高到一品，皇帝身边则形成了齐泰，黄子澄，方孝孺三人组成的“参议”，即后来明“内阁”的雏形。
赋税政策也大做调整，改变了洪武时代对江南地区的苛刻重税，改为轻徭薄赋。
甚至曾一度在方孝孺的建议下改革国家土地制度，恢复西周时代的“井田制”。
上述种种“善政”，六百年来史不绝书。
有些政策固然理想化甚至不切实际，但诸如“内阁”等制度，文臣治国的理念，实际上也被后世皇帝接纳并延续下来。历代史家对其评价甚高，由此不足为怪。
既是“善政”，又为何招致战乱呢?
这就是靖难之役的“导火索”——削藩。
二、削藩
台湾历史学家李敖曾在一篇文章里如此讽刺建文帝的削藩政策：朱允炆的削藩，正像北宋军队打仗，开始的时候捷报频传，斩获连连，却突然一个挫折，接着就是昏招连连，连战连败，最后败到一发不可收拾。说“削藩”，这是朱允炆在做“皇太孙”的时候就有的一块心病，毕竟深知自己年纪幼小，诸藩王“叔叔”皆手握重兵，自然如鲠在喉。黄子澄曾宽慰他说：“汉景帝在位时，诸王也多不法，酿成七国之乱，可汉景帝派兵平定，立刻都土崩瓦解”。此言让朱允炆稍稍心安，后来朱允炆也曾请教朱元章，朱元章反问他该怎么办，朱允炆思来想去答道：先用德争取，再用礼规范，再不行就改封地，还不行就削藩，如果都不行，只能兵戈相向。朱元章很满意，赞道：“甚好，甚好。”而观朱允炆削藩，论开头，也可为“好的开端”。早在洪武三十一年闰五月朱元章撒手人寰后，即颁布“遗诏”，各地藩王所属的文臣武士，除藩王的亲身“护卫”外，皆由中央节制。初步掌控了各藩镇的“军政大权”，继而朱允文与其老师齐泰，黄子澄密谋，采纳黄子澄“断燕王朱棣手足”的建议，先将河南周王与山西代王以“贪横暴虐罪”逮捕，继而周王被发配云南。
众文臣窥得风向，纷纷见风使舵，上书力陈大规模“削藩”。“顺应民意”下，建文帝再接再厉，洪武三十一年五月，珉王被召入京“切责”，湘王不堪忍受屈辱，愤然自焚。
齐王被废为庶人，关入大狱，数月之间连出重手，将当年向朱元章陈述的“五步走”连贯动作一气呵成，直闹得诸藩国人心惶惶。
噩耗连连，“主要对手”朱棣也紧张，加紧招兵买马准备战争，并与北边的鞑靼部落订立盟约。
建文帝也毫不落后，先策反了燕王府官员葛诚，成为自己耳目，继而以防备蒙古为名，派亲信将领张芮驻北平北面的开平，遣谢贵为北平指挥使，接掌北平军权，里里外外对朱棣形成夹击之势。
建文元年三月，朱棣入京朝见，有大臣建议建文帝借故将朱棣捉拿，未被允准，继而建文帝派宋忠率精兵三万驻开平，五月，朱棣派两个儿子朱高炽，朱高煦入京朝见，又有大臣“旧话从提”，要建文帝扣押两皇子以挟持朱棣，再被拒绝。
最终放虎归山，归家后，为掩人耳目，朱棣开始“装疯”，成日疯疯癫癫，做病入膏肓状。
七月，在得到葛诚密报朱棣已然筹谋起兵后，建文帝终下决心，命北平指挥使张信逮捕朱棣，谁知张信火线倒戈，向朱棣告密，朱棣果断行动，先诛杀建文帝派在身边的眼线葛诚，继而火速举兵，杀死建文帝驻北平亲信张芮，谢贵，控制北平城，继而杀退驻开平的宋忠的三万精兵，正式举起了“造反”大旗。
今人对这段“削藩”过程颇多非议，认为既然削藩的主要对象是燕王朱棣，就该从一开始直捣黄龙，先将朱棣削藩，而照黄子澄的方式，实为“先易后难”，到头来朱棣毫发未损，各藩国却被“得罪光”。
这个此时捷报频传的过程，素来被看做建文帝的败笔之一。
而在这之间，两次可以拘捕朱棣的机会皆被他放过，更令后人指摘不已，称之为“天予不取，必受其咎。”
但仔细观其过程，朱棣两次觐见，第一次是诸藩王人心惶惶时，恰如齐泰所言：“擅扣燕王，恐激诸藩众怒”。
第二次朱棣两皇子觐见时，黄子澄谏道“放归二子，以德化感燕王，可成陛下美名。”
在轻易不愿酿成兵灾的建文帝眼里，这必然成为他的第一选择。
而说到“先易后难”的削藩选择，对于行事力求稳妥的建文帝来说，也是必然会采纳的。
但对照之前的汉朝“七国之乱”，以及后世的清朝“三藩之乱”，我们不难看到建文帝的最大“错处”。
三次“削藩”，共同的道理只有一句话：削亦反，不削亦反。既是无可回避的战争，最重要的自然是战争准备，而这，恰是建文帝，及其“师傅”们最大的疏漏。
直到战争打响后，建文帝还反复告戒前线诸将，不要伤害朱棣，原因是“勿使朕有杀叔之名”。实在是让人哭笑不得。
三、长兴侯耿炳文
明建文元年(公元1399年7月)，燕王朱棣在北平举兵造反，以“清君侧”为口号，拉响了持续三年的“靖难之役”的大幕。大战骤起，朱棣先声夺人，先败宋忠的三万精兵，继而连克云中，开平，怀来，上谷，永平，皆是建文帝事先安排的牵制朱棣的“防区”，此时尽皆攻克，如雷轰顶的建文帝，也迅速做出了反应，派出了以长兴侯耿炳文率领的三十万“中央军”，出师讨伐。由此牵出了朱元章为建文帝做的最后一个苦心安排——长兴侯耿炳文。耿炳文，凤阳人，淮西旧将的老班底，大明开国功臣，靖难之役爆发时，时年六十五岁，可谓久经沙场。在漫长的三年靖难之役中，他留给历史的只有短短一瞬，但他却一度是最有可能改写朱允炆命运的人。之所以这样说，还是由于他的作战特点---擅守。
朱元章争天下时，他曾受命镇守江苏长兴达十年，其间数次以少胜多，击败朱元章劲敌张士诚的疯狂进攻。也因战功为封为长兴侯。
在朱元章麾下的各路英杰，乃至彼时中国的将领中，他是最擅打防御战的人，他不仅防御经验丰富，且军事思想卓越，其提出的“以战车克胡骑”的作战思路，在明朝中后期被戚继光，俞大猷，孙承宗等人发扬光大，成为明军的主战法。
朱元章留下他的苦心正在于此：一旦国家有事，一个耿炳文就足够镇守边关。
而从靖难之役的局面看，大势更是清楚，起兵造反且部队多骑兵的朱棣，最大的特点是擅攻，最有利的局面是速战，一旦战局拖向相持乃至寸步不前，就是朱棣的灭顶之灾。对于耿炳文乃至建文帝来说，平乱的方式很简单---守住，便是胜利。
但急于求成的建文帝给耿炳文的命令却是“火速堪乱”。
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